Negara Islam Indonesia (NII) oleh berbagai pihak dianggap sebagai akibat dari merasa sakit hatinya kalangan Islam, dan bersifat spontanitas, lahir ketika terjadi vacuum of power di Republik Indonesia (RI). Sejak tahun 1926, telah berkumpul para ulama di Arab dari berbagai belahan dunia, termasuk Haji Oemar Said (HOS) Tjokroaminoto, guna membahas rekonstruksi khillafah Islam yang runtuh pada tahun 1924. Sayangnya, syuro para ulama tersebut tidak membuahkan hasil dan tidak berkelanjutan. Sekarmadji Maridjan Kartosoewirjo merupakan orang kepercayaan Tjokroaminto menindaklanjuti usaha rekonstruksi khilafah Islam dengan menyusun brosur sikap hijrah berdasarkan keputusan kongres PSII 1936. Kemudian pada 24 April 1940, Kartosoewirjo bersama para ulama mendirikan di Malangbong. Institut shuffah merupakan suatu laboratorium pendidikan tempat mendidik kader-kader mujahid, seperti di zaman Nabi Muhammad saw. Institut shuffah yang didirikan telah melahirkan pembela-pembela Islam dengan ilmu Islam